- Jugando a predecir proteínas - Fold.it
El conocimiento de la estructura tridimensional de las proteínas es un aspecto vital de la investigación científica, especialmente en el desarrollo de fármacos. No obstante, predecir estas estructuras a partir del conocimiento de su secuencia de aminoácidos es una tarea extremadamente laboriosa y compleja, y dado el gran número de proteínas que se determinan en cada nueva investigación que sale a la luz, la creación de modelos proteicos suele quedar rezagada.
Por este motivo, los laboratorios y las compañías se valen de las nuevas tecnologías para crear una inmensa red de trabajo y potencia computacional que haga frente a las necesidades de sus proyectos.
Fold.it, investigar jugando
Basado en Rosetta@home, una plataforma de computación distribuida, Fold.it es un software que bajo la apariencia de un juego para resolver puzzles nos pone en la piel de un biólogo molecular. A modo de desafíos en los que deberemos determinar el plegamiento más estable y energéticamente óptimo de la proteína dada, con Fold.it podemos colaborar en proyectos y problemas reales de laboratorios que actualmente trabajan en predicciones estructurales de proteínas.
Desde su primera aparición en la revista Nature, son muchos los artículos de la prestigiosa revista científica que han hecho mención al juego en recientes descubrimientos de biología molecular y diseño de fármacos. En el último de ellos hasta la fecha, los jugadores de Fold.it tardaron 3 semanas en resolver una estructura proteica que llevaba más de una década dando dolores de cabeza a los científicos de la Universidad de Washington.
Dicha estructura pertenece a una proteasa retroviral clave en la proliferación del virus del SIDA, y el conocimiento de su estructura ayudará a diseñar fármacos que puedan bloquear estas enzimas y tratar la enfermedad.
Solución a problemas bioquímicos y de medicina
"Queríamos ver si la intuición humana puede tener éxito donde los métodos automatizados han fallado", señala el Doctor Firas Khatib, profesor de bioquímica en la Universidad de Washington. Y añade: "La ingenuidad de los jugadores es una fuerza que, debidamente dirigida, puede ayudar a solucionar una gran variedad de problemas".
Y es que la predicción de las enzimas retrovirales no es el único problema que se plantea en este campo, ya que la utilidad de esta "investigación conjunta" entre bioquímicos y jugadores puede hacer avanzar otros campos de la medicina como el estudio del cáncer, el Alzheimer o la mejora del tratamiento de biocombustibles.
Ciencia al alcance de todos
Pero los juegos multijugador no son la única forma de colaborar con los últimos proyectos científicos. Otra infraestructura basada en la computación en red es BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), un programa que utiliza los ciclos de nuestro ordenador que no se ocupan de la CPU para realizar cómputos y cálculos de forma que toda la red de voluntarios que han descargado el software forme un gigantesco "superordenador" capaz de facilitar tareas computacionales como la predicción climática, la física de fluidos o el estudio de secuencias genéticas.
Para "donar" nuestro tiempo muerto en el ordenador a la ciencia, simplemente basta con entrar en la web del proyecto BOINC, descargar su software y elegir en qué proyectos estamos interesados en colaborar. La variedad está servida, y para cada uno dispondremos de nuestro usuario y contraseña personales para controlar las estadísticas de nuestra colaboración en dichos proyectos.
El futuro de la investigación, en la red
Con más de 500.000 computadoras activas generando cómputos superiores al mayor supercomputador conocido (el Tianhe-I de China) y funcionando en la mayoría de sistemas operativos disponibles, sin duda los científicos han encontrado en la computación distribuida un gran apoyo para llevar a cabo sus análisis e investigaciones. Porque si de sus resultados nos beneficiamos todos, ¿por qué no contribuir a realizarlos?
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