El 28 de mayo de 1864 Maximiliano y Carlota llegaban a Veracruz y el 12 de junio hacían su entrada a la ciudad de México, se establecieron en el castillo de Chapultepec. Mientras tanto Juárez se había dirigido al norte del país en San Luis Potosí, Saltillo, Monterrey, Chihuahua y Paso del Norte.

Existen tres acontecimientos documentados sobre la participación de Mucio Maldonado a favor del gobierno de Juárez, la batalla del Calvario, Tepetlaoxtoc; la toma de Puebla y cuando trató de detener a Leonardo Márquez.

La Batalla del Calvario, 17 de enero de 1867

El 17 de enero de 1867 salió de Texcoco Miguel López rumbo a la cabecera de Tepetlaoxtoc, al frente de 500 hombres, tanto franceses como mexicanos quienes venían a quemar esta población, por haber permanecido aquí el cuartel general del coronel Mucio Maldonado, que se mantenía a favor de la causa liberal. El coronel Maldonado atacó con sus soldados dando por resultado que hizo retirarlos hasta Texcoco, quitándoles algunos pertrechos de guerra. En esa época Tepetlaoxtoc guardaba gratitud al coronel Maldonado por esta acción que libró de las garras del enemigo.

Miguel López, oriundo de Puebla, había ingresado al ejército desde 1845, alcanzando el grado de coronel en 1864, durante el segundo imperio fue comandante del regimiento de la emperatriz y se haría célebre por haber traicionado en Querétaro a Maximiliano.

Mucio Maldonado era originario del barrio de La Conchita, Texcoco y que había logrado alcanzar el rango de coronel, desde hacía tiempo venía luchando por la causa liberal y la soberanía de México; debido a que su tierra natal era dominada por los imperialistas, él decidió instalar su cuartel en Tepetlaoxtoc.

El sitio de Puebla 2 abril de 1867, clave del triunfo de los republicanos

En Querétaro, Maximiliano había nombrado lugarteniente del ejército imperial a Leonardo Márquez y le pidió que fuera a la ciudad de México, por refuerzos. El Tigre de Tacubaya rompió el cerco y llegó a la capital, donde se enteró de que Porfirio Díaz iba a tomar la ciudad Angelopolitana. Ante esta situación Márquez deicidió partir para Puebla

Porfirio Díaz en sus Memorias comentó que Mucio Maldonado participó en la toma de Puebla: “Estando en el sitio de Puebla, y pocos días antes del asalto, se me incorporó el General Don Diego Álvarez con cosa de seiscientos hombres de Fuerzas del Sur y el Coronel Don Mucio Maldonado con 400 caballos de Texcoco”.

Lo que muestra la participación de Maldonado en tan importante batalla, por la cual perdería realmente el imperio como bien lo señaló don Manuel González.

La Batalla de San Lorenzo

Las acciones de guerra Porfirio Díaz siguió una estrategia similar a la que habían realizado anteriormente los franceses en 1863, al tomar Puebla e impedir la llegada de Comonfort en San Lorenzo. La historia se repetía Díaz había tomado Puebla y escenificaría con Leonardo Márquez la nueva batalla de San Lorenzo. El 5 de abril el Tigre de Tacubaya estaba en la hacienda de San Diego Notario, las fuerzas liberales lo empezaban a rodear del rumbo de Teotihuacán habían salido las fuerzas del general Guadarrama y el coronel Jesús Lalanne; a su vez Porfirio Díaz había salido de Puebla para darle alcance. El 6 de abril se dieron las primeras escaramuzas, por lo que Márquez tuvo que salir de San Diego, llegando a la hacienda de San Lorenzo, donde el 8 de abril se tuvo que enfrentar con las fuerzas republicanas.

Al ver el Tigre que estaba rodeado decidió salir, tomando el camino para San Cristóbal, y luego siguió para Texcoco. Mucio Maldonado murió el diez de abril de 1867 a las 2 ½ horas de la tarde en el tramo que hay de la hacienda Blanca al Batán por el arrojo que tuvo de atacar a don Leonardo Márquez. Porfirio Díaz anotó en su diario: “Seguimos la persecución todo ese día hasta Texcoco con muchos episodios muy poco sangrientos para nosotros, pero fatales casi todos para el enemigo. En la Hacienda Blanca hizo éste un supremo esfuerzo de resistencia que nos causó algunas pérdidas, entre ellas la del Coronel Don Mucio Maldonado, que fue muerto al tomar al enemigo las últimas dos piezas de montaña que le quedaban”.

El Tigre de Tacubaya pudo llegar a la ciudad de México preparándose para el sitio de la capital. Porfirio Díaz estuvo unos días en Texcoco de donde salió a tomar la ciudad de México. Márquez no traicionó a Maximiliano, lo que sucedió es que cometió errores que no le permitieron regresar a Querétaro.

El 19 de junio fueron fusilados Maximiliano, Miramón y Mejía, ese mismo día salió Márquez de la ciudad de México, la cual fue tomada por Porfirio Díaz dos días después. Quedaba cerrado así uno de los capítulos más importantes de la historia de México.