Después de intentar sin mucho éxito, por medios pacíficos como el boicot, de que fuera derogada la ley Calles, la Liga Nacional para la Defensa de la Libertad Religiosa, pensó que la única solución que quedaba era la armada. La cual se justificaba a partir de la teoría de la guerra justa, que plantea que ésta es lícita cuando se ve atacada la Iglesia y no le queda otro remedio que su defensa. La Liga se desligó de la clerecía para tener cierta libertad y para no inmiscuir a los sacerdotes, ya que ellos no podían participar en la guerra, al menos que fuera sólo de capellanes.

A finales de 1926 se nombró a René Capistrán Garza Jefe del movimiento armado, se decidió que el levantamiento iniciaría el primero de enero de 1927, buscando tomar Ciudad Juárez Chihuahua. Donde el movimiento adquirió fuerza fue en Los Altos de Jalisco, El Bajío, Colima y Zacatecas. A los miembros de este ejército se les llamo Defensores, luego Libertadores y por último Cristeros, porque su grito de batalla era: ¡Viva Cristo Rey!

Sacerdotes y laicos martirizados

Los sacerdotes eran perseguidos, a principios de 1927, murieron: Jenaro Sánchez, Mateo Correa y Julio Álvarez. El primero de abril de 1927 daba su vida, el ideólogo del boicot, el Gandhi mexicano: Anacleto González Flores junto con Luis Padilla Gómez, Jorge y Ramón Vargas González; días después lo seguían los hermanos Ezequiel y Salvador Huerta Gutiérrez.

En abril de 1927 los sacerdotes David Uribe, Sabas Reyes y Román Adame, además de los llamados mártires de San Joaquín también fueron asesinados. El 25 de mayo de 1927 ofrendaron sus vidas los sacerdotes de Totatiche, Jalisco Cristóbal de Magallanes y Agustín Caloca. Magallanes había fundado hacía años un seminario auxiliar en esa población. El 20 de junio de 1927 renunció a su cargo René Capistrán y se buscó un general de carrera que dirigiera el movimiento cristero para darle mayor solidez, se nombró jefe de las fuerzas cristeras en el estado de Jalisco al general Enrique Gorostieta Velarde.

Álvaro Obregón y su búsqueda por la reelección

Posteriormente Álvaro Obregón mostró su interés por reelegirse como presidente, traicionando el principal ideal de la Revolución Mexicana: “Sufragio efectivo no reelección”. De subir al poder nuevamente Obregón traería como consecuencia la ampliación de la persecución religiosa. De hecho seguían matando sacerdotes como José Isabel Flores, José María Robles, Justino Orona y Rodrigo Aguilar. También los políticos sonorenses mandaron asesinar a sus opositores los generales Francisco R. Serrano y Arnulfo R. Gómez.

El 13 de noviembre de 1927 se dio un atentado contra Obregón y se responsabilizó al sacerdote jesuita Miguel Agustín Pro, a su hermano Humberto Pro, al Ing. Luis Segura Vilchis y a Juan Antonio Tirado, quienes fueron fusilados sin juicio y sin haberles comprobado nada, el día 23 del mismo mes y año. Un día antes había sido asesinado en Teocaltitlán, el sacerdote de San Juan de los Lagos Pedro Esqueda. A principios de 1928 siguió la lista de sacerdotes cristianos que dieron su vida: Jesús Méndez Montoya, Toribio Romo, Elías del Socorro Nieves del Castillo. El 21 de marzo de 1928 mataron a Miguel Gómez Loza que había sido gobernador cristero provisional de Jalisco cerca de Atotonilco el Grande.

El 17 de julio de 1928, José de León Toral asesinó a Álvaro Obregón, en el parque de la Bombilla siguiendo el pasaje bíblico de Judith y Holofernes; además de la teoría de la guerra sintética. Desde entonces ningún presidente ha querido violar el principio de no reelección.

Clímax y colapso de la rebelión cristera

El 4 de agosto de 1928 se nombró a Enrique Gorostieta primer jefe del Ejercito Libertador, quien lanzó un Manifiesto a la Nación, conocido como el Plan de los Altos de Jalisco. Lográndose los momentos más brillantes para las fuerzas cristeras, bajo el lema de ¡Dios, Patria y libertad! El 2 de junio de 1929 fue asesinado el general Gorostieta, en la hacienda del Valle, municipio de Atotonilco el Alto, Jalisco cuando se dirigía a atacar las fuerzas del general Lázaro Cárdenas.

Subió a la presidencia de la república Emilio Portes Gil, quien logró con los obispos Pascual Díaz y Leopoldo Ruiz, el fin del conflicto armado, sin tomar en cuenta a los cristeros y al resto de los obispos mexicanos. La firma de los acuerdos se dio el 21 de junio de 1929. Gorostieta fue sustituido por el general Jesús Degollado Guizar, quien acató la resolución. El triunfo de los cristeros se dio muchos años después con el reconocimiento de la personalidad jurídica de la Iglesia y con la canonización de sus mártires.