La organización virreinal o Colonial a más de ser amplia era bastante compleja, a continuación se esboza cómo se estructuraban dichas órdenes de gobierno.

En la península

Rey: en él recaían todas las atribuciones de buen gobierno, como lo eran policía, justicia, hacienda y guerra, era el "dueño" de todas las posesiones españolas y a este correspondía directamente el gobierno en todos sus rincones.

Consejo de Indias: tenía injerencia sobre todo lo que sucedía en la Nueva España, entre sus atribuciones se encuentran: las legislativas, judiciales (tribunal de última instancia), los asuntos de hacienda y eclesiásticos.

Se conformaba por: 1 Presidente, 1 Teniente del Gran Canciller, 8 consejeros letrados, 1 fiscal, 2 secretarios, 1 escribano de Cámara de Justicia, 1 tasador de procesos y 1 abogado Procurador de Pobres.

Junta de Guerra de Indias: fue fundada en 1597 para combatir la piratería y el corso.

Cámara de Indias: Su función era la de otorgar mercedes (premios por servicio, generalmente en tierras e indios), así como la de proponer candidatos a puestos civiles, de hacienda e incluso eclesiásticos.

Casa de Contratación de Sevilla: ubicada en esta ciudad española se encargaba de regular el comercio entre España y Las Indias, aunque posteriormente tuvo también atribuciones de justicia en el área mercantil.

En la Nueva España

Virrey: prácticamente tenía las mismas atribuciones que el rey, era por esto que se le concedían los cargos de Gobernador (atribución ejecutiva), Capitán General (guerra), Presidente de la Real Audiencia (legislativa, aunque tenía que ser jurista para poder votar, en caso contrario solo podía opinar) y Superintendente de la Real Hacienda (atribuciones financieras).

Real Audiencia: entre sus atribuciones se encontraban las de protección de indios, gobierno a falta de un rey (por deceso o falta de asignación), era tribunal de última instancia dentro de su jurisdicción para asuntos penales, ya que los civiles si superaban los 10 mil pesos oro se podían apelar al Consejo de Indias, además regulaba las acciones del virrey. En el Virreinato de La Nueva España existieron dos Audiencias, la de México y la de Nueva Galicia (actual Guadalajara). Estas Audiencias se conformaban por: 1 Presidente (el Virrey para el caso de México), Oidores (su número variaba), 1 fiscal, 1 alguacil mayor, relatores, escribanos, receptores y procuradores.

Cabildos: era el órgano de gobierno que funcionaba a nivel local (equivalente a los actuales municipios), entre sus funciones se encontraban las de: recaudación y distribución de las rentas e impuestos locales, organización de la policía y el cuidado de los abastos.

Existían dos tipos de cabildos, el ordinario compuesto de 2 alcaldes con atribuciones de justicia, 1 alférez, 2 alcaldes de hermandad (atribuciones de policía), fieles ejecutores (encargados del almacenaje de granos y cereales), procurador, escribano público, alguaciles y depositario general. Y el cabildo general, al cual pertenecían todos los vecinos.

La complejidad en el gobierno español para sus posesiones de ultramar era necesaria dada la distancia entre la capital del reino y la Nueva España, y a su vez de esta con los poblados del virreinato, ya que éste abarcaba desde los actuales estados sureños de USA, hasta la actual Guatemala.