A los primeros establecimientos españoles en Panamá, y al descubrimiento del Océano Pacífico, siguió la exploración del resto del territorio centroamericano. Las disputas entre los conquistadores por la posesión de las nuevas tierras originó la fragmentación del territorio en pequeños centros de poder político y económico. Con el tiempo la Corona logró establecer una administración única, pero las divisiones establecidas terminarían por dar forma a las modernas naciones centroamericanas.

Primeras exploraciones y conquista

Los primeros contactos españoles en tierras centroamericanas se dieron en Panamá, cuando Rodrigo de Bastidas recorrió, en 1501, el litoral atlántico colombiano llegando hasta el istmo de Panamá o de Darién. Un año después el almirante Cristóbal Colón, en su cuarto viaje, recorrió gran parte de la costa de Centroamérica y llegó a tomar posesión de la tierra a la altura de Honduras.

En el año de 1510 Vasco Núñez de Balboa fundó Santa María la Antigua del Darién, que se convertiría en la capital del territorio llamado Castilla del Oro. En 1513 el mismo Núñez de Balboa logró llegar a las costas del Océano Pacífico o Mar del Sur, con lo que se inició una etapa de búsqueda de un estrecho para comunicar los dos océanos. Cuando Pedro Arias de Ávila -también conocido como Pedrarias Dávila- fue nombrado gobernador de Castilla del Oro trasladó la capital a la recién fundada ciudad de Panamá en el litoral del Océano Pacífico.

En el año de 1516 Juan de Castañeda y Hernán Ponce de León navegaron hasta el golfo de Nicoya, y poco después Gil González recorrió parte de Costa Rica y Nicaragua. El oro rescatado por Gil González despertó la ambición de Pedrarias Dávila, quien envió una expedición a los territorios al oeste de Panamá para reclamar sus derechos sobre ellos. En su época de mayor extensión Castilla del Oro llegó a comprender parte de Colombia y la vertiente pacífica de Panamá, Costa Rica y Nicaragua.

Consumada la conquista de México, Hernán Cortés envió a Pedro de Alvarado a la región centroamericana con un ejército español reforzado con fuerzas tlaxcaltecas y mexicanas. Alvarado, con la violencia que le era característica, sometió los pueblos de Guatemala y El Salvador.

Por lo que concierne a Honduras, el territorio fue disputado por varios conquistadores, como Gil González, Pedrarias Dávila, Pedro de Alvarado, Francisco de Montejo y el propio Hernán Cortés. Finalmente la posesión se dirimió entre Montejo y Alvarado, quedando éste como gobernador de Honduras cerca de 1540.

La Audiencia de los Confines

Hacia 1542, cuando entraron en vigor las Leyes Nuevas, Centroamérica estaba dividida en varios núcleos de poder independientes. La muerte de los dos principales capitanes –Pedro de Alvarado y Pedrarias Dávila- facilitó a la corona española unir a toda la región en una sola entidad administrativa.

La unificación ocurrió cerca de 1544, mediante la creación de la Audiencia de los Confines, con jurisdicción desde Yucatán hasta Panamá. Se eliminaron las primitivas gobernaciones existentes hasta entonces, quedando la sede de la audiencia en la población de Gracias a Dios, un centro minero que cobraba auge en Honduras.

La audiencia permaneció cinco años en Gracias a Dios, pero con el declive económico de la ciudad se ordenó su traslado a Santiago de los Caballeros, en Guatemala. La Audiencia de los Confines sufrió varias modificaciones en su jurisdicción e incluso llegó a ser suspendida por unos años, hasta que se resolvió crear la Audiencia de Guatemala.

El Reino de Guatemala

En el año de 1567 la corona española creó la Audiencia de Guatemala, tres años después sus integrantes entrarían a su sede definitiva en Santiago de Guatemala. La jurisdicción de la audiencia comprendía los territorios de Chiapas, Guatemala, Honduras, El Salvador, Nicaragua y Costa Rica. Panamá pasó a formar parte del Virreinato del Perú.

El presidente de la Audiencia también tenía el título de gobernador general, contando con los mismos atributos que el virrey de la Nueva España. Centroamérica, con la excepción de Panamá, fue conocida entonces como el Reino de Guatemala. El poder central estaba en la capital guatemalteca y había gobernadores y alcaldes mayores en las provincias.

El Reino de Guatemala se mantuvo hasta el fin de la época colonial en 1821. Al independizarse se integró al imperio mexicano de Agustín de Iturbide. Cuando el imperio se desmoronó el reino se convirtió en la República de las Provincias Unidas de Centroamérica.